Программа сама выбирает оригинал элемента по количеству упоминаний в документах и отмечает его синей стрелочкой. Следовательно, если нажать "Удалить дубли", то оригиналы (элементы со стрелочкой) останутся, а с галочкой удалятся.
Если нужно, наоборот, оставить элемент, помеченный программой галочкой (не оригинал), то его нужно выделить и "Отметить как оригинал". При этом, все документы, в которых используется удаляемый элемент, программа перенесет в выбранный оригинал.